Kartano oli 1500-luvun alusta Wäxjöstä kotoisin olevan Westgöta-suvun rälssitilana ja siitä juontaa kartanon nimi Wääksy (Wexiö). Jouduttuaan kuninkaan epäsuosioon 1555 suvun täytyi luovuttaa kartano kruunulle ja siten siitä tuli kuninkaan kartano.

Ruotsi-Suomen valtakunnan politiikan parrasvaloihin kartano tuli kun Juhana-herttua naituaan Katarina Jagellonican Puolasta lahjoitti sen vihkimättömälle vaimolleen Kaarina Hannuntyttärelle vuonna 1561. Kaarinalla ja Juhanalla oli neljä yhteistä lasta. Nuorin lapsista, Sofia, meni naimisiin sotapäällikkö Pontus de la Gardien kanssa. Sofia kuoli Tallinnassa synnyttäessään poikaansa Jakobia 1583. Pontus hukkui Narvan jokeen pari vuotta myöhemmin. Jakob de la Gardie lähetettiin Wääksyyn isoäitinsä hoiviin. Hänestä tuli niinikään kuuluisa sotapäällikkö, Laiska-Jaakko - yksi harvoista läntisistä kenraaleista, joka onnistui valtaamaan Moskovan. Wääksyn kartano kulki samassa "Kaarina Hannuntyttären suvussa" tyttärien myötäjäislahjana lähes 200 vuotta.

1604 koettiin Wääksyssä monien tutkijoiden mielestä Euroopan suurin luonnonmullistus. Vääksyn joen virtasuunta muuttui ja vieressä ollut Sarsan uoma kuivui. Tämä johtui jääkauden jälkeisestä maan noususta, joka puhkaisi Iharin kosken. Längelmävesi virtasi nyt Iharin eikä Vääksyn Sarsan kautta Roineeseen.

Kartanossa oli useita myllyjä sekä konepajateollisuutta 1800-luvulla. Tämän mahdollisti tilan halki Vesijärvestä Längelmäveteen virtaava Vääksyn joki. Joessa on edelleen pieni sähkölaitos, joka tuottaa sähköä tilan käyttöön.

1900-luvulle tultaessa tila rappioitui ja omistajat olivat eri puolilla Eurooppaa. Vuonna 1917 kartanon osti Antti Ahlströmin nuorin poika Birger, joka oli koulutukseltaan agronomi ja erittäin innokas maanviljelijä. Hänen aikanaan rakennettiin suurin osa nykyisistä tuotanto- ja asuinrakennuksista. Birgerin jälkeen tilan otti haltuunsa hänen tyttärensä sekä vävynsä Birgit ja Hans Rydman. Kasvihuonetuotanto sai alkunsa Wääksyssä.

Rydmanien vanhin tytär Harriet Leskinen ja hänen miehensä Jukka-Pekka Leskinen ottivat tilan hoitoonsa 1986 ja samana vuonna aloitettiin ruukkusalaattituotanto; mausteet ja yrtit tulivat mukaan pari vuotta myöhemmin. Vuonna 1986 aloitettiin myös tilan vanhoissa kaalivarastoissa kuormalavatuotanto. Puukartano Oy jatkaa edelleen tilan liitännäiselinkeinona, valmistaen lavoja sekä puupakkauksia. Innokkaina hevosmiehinä ja -naisina Leskiset perustivat Wääksyyn myös Kiinteistöosakeyhtiö Wääksyn Ratsastuskeskuksen, joka on erikoistunut yksityishevosten hoitoon. Tilalla on 40 hevospaikkaa.

Edelliselle sivulle | Etusivulle